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科技日報實習(xí)記者 張佳欣
據(jù)7日發(fā)表在《自然》雜志上的論文，美國加州大學(xué)圣地亞哥分校和斯克利普斯研究所聯(lián)合開發(fā)了一種名為“Freyja”的算法，用于在早期檢測廢水中的新冠病毒變異株，只需兩茶匙未經(jīng)處理的污水，就可準(zhǔn)確測定新冠病毒變異株。
加州大學(xué)圣地亞哥分校在數(shù)十個地點(diǎn)通過自動采樣機(jī)器人收集了廢水樣本，加州大學(xué)圣地亞哥分校的實驗室分析了這些樣本中的新冠病毒RNA水平，并在斯克利普斯研究所實驗室做進(jìn)一步的計算分析。圖片來源：埃里克·杰普森/加州大學(xué)公共藝術(shù)委員會
斯克利普斯研究所研究人員開發(fā)了一個“條形碼”庫，可根據(jù)每個變異株特有的短RNA片段來識別新冠病毒變異株，并編寫了一種新算法，通過篩選廢水中的大量遺傳信息來匹配這些條形碼。由此生成的免費(fèi)程序Freyja，已經(jīng)被美國公共衛(wèi)生機(jī)構(gòu)廣泛用于廢水監(jiān)測。
研究人員表示，在實驗室對廢水樣本進(jìn)行測序后，只需運(yùn)行Freyja，20秒就可得到結(jié)果。當(dāng)研究人員將Freyja應(yīng)用于廢水樣本并將結(jié)果與圣地亞哥市的臨床數(shù)據(jù)進(jìn)行比較時，他們發(fā)現(xiàn)該工具在臨床報告前14天就在廢水中檢測出了“值得關(guān)切的變異株”，包括阿爾法、德爾塔和奧密克戎變異株。
2021年7月27日，研究人員在加州大學(xué)圣地亞哥分校的廢水中檢測到繆變異株9（B.1.621），這是在校園首次臨床檢測的4周前檢測出來的。同年11月27日，該團(tuán)隊還在圣地亞哥首次臨床報告前11天檢測到廢水中的奧密克戎變異株。
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